维护进出口食品安全是法律法规赋予质监部门的重要职责，为了全面履行这一职责，国家质检总局按照“抓质量、保安全、促发展、强质检”的方针，紧紧立足进出口食品安全实际，不断完善相关法律法规和监管制度，创新工作机制，促进落实进出口食品安全主体责任，有效防范进出口食品安全风险，建立和完善了进出口食品质量安全保障体系。
1、建立全过程监管制度，落实各环节安全责任
在出口食品安全监管方面，按照“预防为主，全程监管”的原则健全从源头备案、过程监督、产品抽检的出口食品安全监管体系，不断完善从种养殖源头、生产加工过程和装运出口等环节的各项监管制度。源头备案包括出口食品原料种植、养殖场备案制度、出口食品原料基地疫情疫病监测制度、出口食品原料基地有毒有害物质监控制度。过程监督包括出口食品生产加工企业备案制度、出口食品分类管理制度、出口生产加工企业安全管理责任制度。产品抽检包括出口食品抽查检验制度、出口食品生产经营企业信誉记录制度、出口食品风险预警制度、追溯与召回制度。大力推进出口食品农产品质量安全示范区建设，全面加强源头控制，实行标准化、科学化、规范化生产管理模式，不断完善质量安全制，落实质量安全责任，提高区域监管有效性，有效保证出口食品安全。
在进口食品安全监管方面，建立了基于风险分析，符合国际惯例的进出口食品安全监督管理体系，从入境前准入、入境时查验、入境后监督三个环节实施监督，逐步健全过程责任追溯制度。入境前准入包括进出口风险分析制度、进口检疫审批制度等，将食品安全监管链条向前端延伸，提高准入门槛。入境时查验包括口岸检验检疫制度、出口食品质量安全监控制度、标签明示制度。入境后监管包括食品进口和销售记录制度、进口商信誉记录制度。
2、构建风险防控机制，防范系统性安全风险
为了将进出口食品安全风险防范在先，对重大食品安全隐患做到早发现、早研判、早预警、早处置，避免发生系统性、区域性和行业性进出口食品安全问题，质检总局建立健全了风险监测、风险研判、风险预警、风险处置为主要内容的进出口食品安全风险管理体系，有效防范安全风险。
在风险监测方面，制定并组织实施进出口食品安全风险监控计划，建立进出口食品安全信息收集网络，依法收集进出口食品安全信息；在风险研判方面，建立进出口食品安全风险研判和会商制度，定期对进出口食品安全风险信息进行分析，组织对境外通报的出口食品信息进行核查，及时发现风险隐患；在风险预警方面，依法通报和公布进出口食品安全信息，加大对进出口食品违规企业的惩戒力度；在风险处置方面，依据风险风判结论，采取有针对性措施控制出口食品安全风险，妥善应对进出口食品安全突发事件。