基层实施基本药物制度补助政策主要包括对基层医疗卫生机构和省统一规划村卫生室的补助政策。按照现行财政体制和政府卫生投入政策，基层实施基本药物制度的经费投入责任，主要由县级政府承担。省级财政对各市及省财政直接管理县(市)通过一般性转移支付进行补助。我省政府办基层医疗卫生机构2010年启动制度试点；2011年6月底前全部推开。村卫生室方面，2010年，我省承担基本公共卫生服务和基本医疗服务任务的省统一规划村卫生室以县为单位按照自愿原则启动实施；2011年，根据国家规定取消自愿原则，全部启动实施。
(一)基层医疗卫生机构实施基本药物制度补助。政府办基层卫生机构实施基本药物制度后，其运行成本通过服务收费和政府补助等方式予以补偿。其中，政府补助按照“核定任务、核定收支、绩效考核补助”的办法核定。对核定的基层医疗卫生机构经常性收入，不足以弥补核定的经常性支出的差额部分，由当地政府统筹各方面资金在预算中予以安排，采取先预拨、后结算等方式，年终在对基层医疗卫生机构任务完成情况、患者满意程度、居民健康改善状况等进行综合绩效考核后，由当地财政部门根据考核结果予以结算。
(二)村卫生室实施基本药物制度补助。村卫生室实施基本药物制度后，政府主要通过购买服务的方式进行合理补助。其中，对乡村医生提供的基本公共卫生服务，县级卫生行政部门根据乡村医生的职责、服务能力、服务人口数量和实际工作量，从人均基本公共卫生服务经费中按40%左右的比例统筹安排村卫生室承担基本公共卫生服务任务所需经费，并按照绩效考核、以考定补的原则予以核拨；对乡村医生提供的基本医疗服务，通过合理确定村卫生室一般诊疗费收费标准和新农合支付比例，在综合考虑新农合基金承受能力和不增加群众个人负担的前提下，充分发挥新农合基金对乡村医生的补偿作用。村卫生室实施基本药物制度后，为保证在村卫生室执业的乡村医生合理收入不降低，在综合考虑基本医疗服务和基本公共卫生服务等各项收入的基础上，各地负责确定对实施基本药物制度并符合规划要求的村卫生室的定额补助标准，财政补助总体水平要与当地村干部的补助标准衔接。
(三)省级补助政策。自2013年起，省财政结合实施基本药物制度中央补助，综合考虑各地发展水平、财力状况，建立对市县的经常性补助机制，并纳入预算。对实施基本药物制度的基层医疗卫生机构，按照中央确定的服务人口数，东、中、西部地区(不含青岛，下同)每人每年分别补助4元、6元、8元；省财政根据上述补助政策对各市及省财政直接管理县(市)通过一般性转移支付进行补助；同时，对沂蒙革命老区以及菏泽市给予一定倾斜。对实施基本药物制度的省统一规划村卫生室，按照每个村卫生室服务2000-4000人，配置2-4名乡村医生，东、中、西部地区每名乡村医生每年分别补助2400元、3600元、4800元。省财政按照上述政策确定对各市及省财政直接管理县(市)的补助总额。